斑点叉尾鮰受精卵的发育要比鲤科鱼类缓慢得多。水温在25.5～29℃时，出膜时间需115小时25分钟，从仔鱼到稚鱼期结束约需10天左右。受精卵要进行流水孵化，常用设备有环道、孵化槽和流水孵化水泥池等。目前我国常采用孵化槽。
孵化槽是一种长方形的带搅拌装置的孵化工具。该设备是根据天然水体中斑点叉尾鮰繁殖习性而设计的，采用水车式搅水器、转轴上带螺旋式叶片分布，转速每分钟28～30转，使槽内水体波动，借以增加溶氧及使卵块轻微摆动，还使水体内有机物随水波动向溢流管外排，并不断从进水阀中以10升/分的流速加注新水。孵化时要把卵块用12目左右铝丝网布编制的孵化篓盛装，悬挂水体中，每只孵化篓能容纳1500克左右的卵块。
孵化水温为20～30℃，最适水温为23～28℃，要求溶氧为6毫克/升以上，pH在6.5～8.0之间，孵化槽流速为10～15升/分，流水水泥池为20～25升/分。
孵化过程中要防止阳光直接照射鱼卵，应在环道和流水水泥池上盖上竹席、草席等，孵化槽应放在室内或工作棚内。卵块超过500克重时，应分开卵块，以免中间的卵粒缺氧窒息死亡，死卵、未受精卵要及时剔除，防止发霉。受精卵块的药物消毒是一项必不可少的工作。在眼点出现之前，每天上午要进行消毒一次。方法是将消毒液放入1个容器内，然后将盛有卵块的孵化篓放入液中浸洗，消毒后用新鲜水清洗一下后放回孵化槽中继续孵化。斑点叉尾鮰鱼卵消毒用药及时间为：细菌病用3毫克/升的高锰酸钾浸洗10～15秒；霉菌病用100毫克/升的福尔马林浸洗240～300秒。
