病原：哈氏弧菌(Vibrio harveyi)。
症状：外套膜不同程度地收缩，重者成片脱落；鳃呈桔红色，重者鳃丝糜烂；肠管空，有的个体消化盲囊肿胀。
流行情况：高温季节发病，死亡率近50%。
2、海湾扇贝飘浮弧菌病
病原：飘浮弧菌
症状：病贝肠道及肾肿胀、生殖腺及外套膜萎缩、壳内面变黑。
流行情况：感染育苗期亲贝，使亲贝产卵质量及出苗率降低，危害严重。
3、栉孔扇贝车轮虫病
病原：车轮虫。虫体直径30～50μm，细胞中央是明显的马蹄形细胞核，细胞核下有一圈齿状细胞骨架，齿体数为25，齿体的数目和形状是其重要的分类依据。细胞外有螺旋式纤毛。
症状：患病栉孔扇贝鳃丝和外套腔内寄生有大量的车轮虫，并伴随有大量的黏液产生。病贝鳃丝明显变细，上皮组织损伤，虫体周围有血细胞聚集，甚至可看到进入车轮虫体内的血细胞。
流行情况：高温季节可造成栉孔扇贝大面积死亡。
4、扇贝豆蟹病
病原：豆蟹(Pinnotheres)。成体的形态与自由生活的蟹子相差不大，仅体色变为白色或淡红色，头胸甲薄而软，眼睛和螯退化。头胸甲长10～12.7mm，宽11～13.5mm。
症状：豆蟹寄生在扇贝的外套腔中，能夺取食物，妨碍摄食，对扇贝的鳃有一定损伤，并使触须发生溃疡，使扇贝身体瘦弱。
流行情况：豆蟹可寄生在多种贝类体内，对扇贝一般不会直接致死，但能使扇贝身体瘦弱。在海湾扇贝海上养殖全过程中寄生率可达6O%以上。
5、扇贝幼虫离壶菌病
病原：动腐离壶菌(Sirolpidium zoophthorum)。该菌菌丝在扇贝幼虫体内弯曲生长，有少数分枝。繁殖时菌丝末端膨大，形成游动孢子囊，囊内的游动孢子形成后，囊上再生出排放管，伸到幼虫体外。从排放管放出的游动孢子在水中作短时闻游动后，再去感染其他幼虫。
症状：患病幼体停止生长和活动，很快死亡。镜检患病幼体体内可见弯曲生长的菌丝体，有时还可见到菌丝末端膨大的含有游动孢子的孢子囊。
流行情况：此病在扇贝幼虫的各个时期均可发生，且往往引起幼虫的大批死亡。
6、其他病害
1）海生残沟虫（尖鼻虫）：大量存在容易引起水质败坏，使扇贝幼虫游动速度下降，造成幼虫下沉聚集，纤毛脱落，甚至钻入体弱的扇贝幼虫体内，促使它们大量死亡。
2）附着生物：包括苔藓虫、海鞘、牡蛎、石灰虫、藤壶、海绵等。附着生物会影响扇贝的活动、取食。附着率在大多数养殖阶段几乎达100%。
3)钻孔海绵：可钻穿扇贝的贝壳，严重的可导致贝体死亡。
4)肉食动物：其中蟹类对稚贝和幼贝有危害
