以下介绍了使用二氧化氯的过程中有几个地方需要注意：
1.消毒之后可适当去添加EM菌片 。在消毒过程中鱼缸内的有益异养菌会损失很大，这个不管采用uv灯或二氧化氯情况是一样的，那么为了保持一个适当的平衡可以人为适当的去添加正规厂家生产的EM菌产品，并正常换水控制好水合适的肥度。
2.有机物对二氧化氯消毒剂灭菌效果有明显影响，在试验用的菌液内加入2%酵母，再用二氧化氯消毒剂进行灭菌试验，结果，100分钟才杀灭了99.99%大肠杆菌，而不加酵母者，仅作用5分钟即可将其全部杀灭。所以为提高消毒效果应该适当控制好水体的肥度。
3.注意观赏鱼粘膜的受损。下药频率周期还需注意，一般采用隔日治疗一次的办法。虽然浓度正确，但是频率如果过高会出现现鱼的体表粘膜脱落的情况，如果出现应立即停止给药，尽快换水，并在水中添加带粘膜保护功能的(如芦荟液)水质稳定剂。
4.伴随温度的升高，杀菌作用会加强。引用一个实验测试结果，用0.8mg/L二氧化氯消毒剂杀灭99%的脊髓灰质炎病毒，当温度为5℃时，需要6.8分钟，当温度为15℃时，需要1.7分钟 ,当温度为25℃时，需要1.5分钟。
5.由于一般鱼友都是在鱼缸中使用相对于池塘来说水体极小，由于使用量很小这对于产品的品质要求相对较高。请大家在采购二氧化氯泡腾片时，一定要选择产品含量精确度高，生产厂家规范知名度高的品牌，防止在使用过程中出现浓度误差造成效果不佳或浓度超标的不良后果。
6.在保存和配置浓配液的过程中应注意尽量保持密闭，防止自己过多的吸入刺激性气体，因为二氧化氯有与氯气相似的刺激性气味，具有强烈刺激性，接触后主要引起眼和呼吸道刺激，吸入浓度过高可发生肺水肿，对呼吸道产生严重损伤。
7.必须准确计算鱼缸的总体水量，包括底滤槽里的水体。主缸下药应该慎重，浓度应该酌减一般以上，慢慢调整观察，期间应密切观察鱼的状态和水质情况，鱼一旦出现呼吸急促、窜游、反白等症状，监测水体的毒素指标波动等应该马上安全换水进行抢救。
8.下药之前可暂时关闭气泵，防止二氧化氯从水体中较快溢出，从而降低了药效。
9.在下浓配液的过程中可以再次稀释，比如我会使用一个4升的水壶再次稀释之后从底滤的水泵区加入，15分钟内分多次添加完毕。期间开造浪泵，加速水体的搅拌，使药物浓度尽量均匀。
10.二氧化氯消毒随浓度的增加，杀菌作用越强。相反的，消毒浓度降低一半，消毒灭菌的时间要求一般会增加10倍。
