鲟鱼养殖中有时需要对受精卵、仔鱼和幼鱼的长途运输，运输中均要采取降温措施，这是提高运输成活率的重要手段。将鱼先放在略高于10℃的水中缓慢降温，再移至6℃左右的水中降温，装箱并在运输中继续用冰块保持低温。鲟鱼苗种的运输通常使用一些韧性比较好的塑料袋。
到达目的地后，一定要做缓苗处理，做好水温调节和水质各项主要指标的调整工作，防止由于水温及水质的突然变化而引起鱼苗在短期内大量死亡。
鲟鱼成鱼运输采取塑料袋充氧运输。由于成鱼的骨板比较锋利，可用纱布将鲟鱼的鳍条包好，用纱布条将整条鱼体进行包裹，这样既不损伤鱼体，又不致因鱼游动而使纱布脱落。然后装入塑料袋，每袋装鱼2～4尾，充氧密封即可。成鱼有时也可采用麻醉剂配液运输或 麻醉运输，使鲟鱼在运输过程中处于昏迷状态，此时鱼的代谢强度和耗氧量减低，有利于运输中鲟鱼体能的保持。
运输前一天应不喂或少喂，其目的是使成鱼在运输过程中没有多余的粪便和因消化食物而过多的消耗水中溶氧，以提高运输的成活率。
鲟鱼经长途运输，或多或少都会受一点损伤，且鱼体受伤后易继发水霉病，所以在放养前应对所有鲟鱼消毒，用浓度2%～3%的食盐水浸洗3～5分钟，或用10～20毫克/升的高锰酸钾浸洗3～5分钟，能有效防治鲟鱼继发感染。
