采运蚶苗季节必须适时，过早不仅采购不到足量的蚶苗，而且新塘建成不久，底质柔软，不适应蚶苗生长;过迟则塘泥变硬，影响蚶苗潜穴，尤其在北方(主要是山东一带)进入冬季后，滩涂封冰，蚶苗容易冻伤。因此，应停止采运蚶苗。
装运蚶苗宜在大潮汛干潮时进行。因这时滩涂干露时间长，有足够的装苗时间;可以做到潮干装苗、潮满启航，达到快装快运，缩短运输时间，提高蚶苗成活率。
运输蚶苗的速度要快。路程远、运输量大的，一般可用轮船装运，日夜兼程;数量少的可用汽车直接装运。运输途中要密切注意气侯变化和做好途中护理工作。
运输蚶苗应注意以下事项：
(1)运输前，蚶苗应洗涤干净，然后浸海水数分钟，以保持苗体湿润。
(2)用草包或麻袋包装(草包较好)，每包重50千克左右，路途远的每包装15-20千克，蚶苗要装得结实，相互压紧，以免张口叶水或发生相互咬壳现象，使蚶体受伤。
(3)苗袋应成“品”字形重叠堆放，使苗袋之间通风散热，并可减轻底层蚶苗的压力。
(4)应安排在气温较低(以8℃-15℃为宜)时运苗，气温低，蚶苗不易张口体内能保留一定水分，所以成活率较高。
(5)车、船应加盖篷布，以起到遮阳避雨的作用。
(6)运输途中，应经常在苗袋上淋洒海水，一般每天淋水2次。淋水应待运苗船出港后进行，以免受港内污水影响引起蚶苗死亡。同时，要用吸水筒及时抽去舱底污水。淋水能起到降湿和消除袋中污臭的作用，使舱内空气保持新鲜。
