运输鳝鱼有带水运输和湿润运输两种方法，从目前所用的运输容器来看，大体可分为以下几种：
①木桶装运
用杉木做成大圆桶，容量为60公斤。运程较短的，每桶可装商品鳝25～30公斤，清水20～25公斤;运程较远、运输时间较长的，则应少装商品鳝。途中每隔2～3小时换一次水，并经常用木棍等工具搅动，防止黄鳝相互缠绕。
②蒲包装运
这种方式通常只适用于短途运输。将加工制作好的蒲包洗净、浸湿，每只蒲包装商品鳝20公斤左右，再将蒲包装入用竹片做成的竹筐中加盖装车。有些地方用竹筐代替，内放装水的塑料袋，上面用透气的竹盖盖好效果也不错。
③尼龙袋充氧装运
选用无毒不漏气的尼龙袋，每袋装水15公斤、商品鳝5～8公斤，充氧后扎紧袋口，再放入纸箱内装车。一些地方采用橡皮袋充氧水运商品鳝，效果也很好。
黄鳝在运输过程中极易大批死亡，要注意以下事项：一是运输的黄鳝量不能大，特别是一个容器内不能装太多，以免引发“发烧病”。二是运输途中要定期换水，保持容器内溶氧充足，换水时温差不要过大。三是换水、搅动等操作要小心谨慎，以免碰伤鳝体。四是发现病、死鳝要及时剔除，以提高运输成活率。
