第二季度淡水鱼类赤皮病、烂鳃病、水霉病、寄生虫病等为高发疾病;海水鱼类可能发生弧菌病、刺激隐核虫病等;南美白对虾需警惕早期死亡综合征和病毒病;蟹类可能发生固着类纤毛虫病;温室鳖仍将以溃疡综合症、穿孔病、腐皮病、生殖器外露等为主，在移养至外塘过程中要注意操作，避免损伤、应激引发的病害。
在养殖过程中要提高科学防病意识、采取健康养殖技术，认真做好养殖过程的管理工作，尤其要注意天气变化，特别是在特殊、恶劣天气期间，要提前做好防范措施，做好病害的预防工作。不同品种的病害防控措施有所不同，具体如下：
鳖类：温室鳖注意控温，加强日常消毒工作，注意水质调控，并可在水中泼洒三黄粉等中草药预防疾病;起捕分池过程中要小心操作，避免应激、损伤而导致发病;池塘鳖在经过冬眠期消耗后，体质较差，开春后易感染疾病，要密切观察其行动和摄食状况，及时做好病害的预防和治疗工作，防止大面积病害的发生。
虾类：计划放养的池塘，应彻底清塘后，于放苗前一星期培育水质，并于放苗前一天施用复合微生物制剂，以提高苗种成活率;坚持从良种场或规范和声誉好的苗种繁育场引进苗种，尽可能索要检疫证明，确保投放无病无伤、体质健壮的苗种。养殖期间保持水体洁净，每10天用0.4毫克/升二氧化氯或0.3毫克/升聚维酮碘对池水泼洒消毒一次，并交替施用微生物制剂，以调节水质和改良底质;有条件的可定期(5天~7天)检测养殖水体中弧菌密度，发现池水弧菌总数超标及时进行水体消毒;在对虾饲料中定期添加免疫增强剂和维生素C，视天气及对虾体质情况灵活调整投饵量，以虾吃7分~8分饱较好。
鱼类：定期做好水质消毒和食台消毒等工作，抑制病原滋生;日常管理中要掌握好投饲量，注意饲料的贮藏，保持饲料的鲜度，杜绝投喂霉变的饲料。此外由于已进入鱼苗人工繁殖时期，要做好孵化设备、鱼巢的消毒工作，防止孵化过程中鱼卵、鱼苗水霉病的发生：鱼池用生石灰清塘消毒，并除去过多淤泥;网箱用5%的食盐水溶液浸泡半小时;鱼种放养时，用2%~3%食盐溶液药浴10min ~15min;发病时可以使用水霉净或硫醚沙星进行治疗。
