养殖水体的底质包括与水接触的土壤和淤泥两部分。淤泥是随着养殖密度的增大，投饵量的增加，大量的残饵、粪便、动植物尸体沉入池底与粘土、有机碎屑混合在一起所形成的。据测定，精养池塘每年淤泥的沉积厚度可达10～12cm，并且随着养殖产量的升高而增大。底质恶化对水环境的影响有：
①池塘底质通气情况差，其理论氧债值极大，氧债高。
池塘底质通气条件极差，大部分有机物、淤泥被厌气性微生物不完全分解，以还原态或中间产物存在，其理论耗氧值极高，但实际耗氧值很低，绝大部分理论耗氧值以氧债的形式存在，这是造成下层水耗氧因子高、缺氧的主要原因。
淤泥中存在的细菌，在淤泥表层一般是好气性细菌占优势，在淤泥底层由于氧气缺乏，以嫌气性细菌占绝对优势，沉积在底质中的有机物被好气性细菌氧化分解，使底层中本来不多的溶氧消耗殆尽，造成缺氧。
在缺氧状态下，嫌气性细菌对有机物质产生发酵作用，生成较多的还原性中间产物，如氨、硫化氢、甲烷、有机酸等，这些物质大都对海产养殖动物有害，影响海产养殖动物生长，甚至威胁到它们的生命，而且这些物质强烈亲氧，当水中有氧时，它们首先与氧结合，消耗水中的氧气。
②底质恶化、淤泥过多，容易恶化养殖水环境。
底质恶化、淤泥有机质过多，耗氧过大，造成中下层水长期处于缺氧状态，在夏秋季节很容易造成海产动物缺氧浮头，甚至泛池死亡，此外，有机质在缺氧状态下，生成大量的中间产物、还原物质（亚硝酸盐、氨氮、硫化氢、有机酸等）直接危害或抑制海产动物的生长，为健康养殖带来隐患。
③底质恶化，水环境恶劣容易暴发疾病。
淤泥中含有大量的有机质、氮、磷、钾、钙等营养物质。淤泥过多，水中有机质也多，易使水质恶化，酸性增加。淤泥中的营养物质又是病原菌的培养基，病原菌在其中大量繁殖，同时又是寄生虫抗拒不利环境的避难所。大量的淤泥沉积，其有害因素超过有利因素。
底质恶化时容易造成致病性微生物的大量繁殖，与此同时，海产动物生活在不良的水质环境中，其抵抗疾病的能力大大下降，很容易暴发疾病，目前发现许多细菌为条件致病菌，这种细菌在水体中大量存在，也就是说，当水质环境良好的情况下，有机体带菌不发病，反之，当水环境恶化时，有害细菌大量繁殖，加之海产动物抵抗力下降，很容易暴发疾病，因此，改善底质、水质环境，防止淤泥过多是实行健康养殖的重要措施。
