光合细菌中的活菌形态微细，比重小，若采用直接泼洒养殖水体的方法，其活菌不易降到池塘底部，无法起到良好的改善底环境的效果，因此，建议全池泼洒光合细菌时，可以和颗粒型改为底改制剂合用，这样即能将活菌迅速沉降到底部，吸附有害元素，并可以起到降低亚硝酸盐、氨氮硫化氢等有害物质危害作用。
适时使用，使用光合细菌的适宜水温为15~40 ℃，最适宜水温26~36 ℃，因而宜掌握在水温20℃以上时使用，注意阴雨天勿用。
与有机肥或无机肥混合使用光合细菌效果明显，并可以防止藻类老化造成水质变坏。
视水质实际状况决定应用方法，水体肥沃时施用光合细菌可促进有机污染物的转化，避免有害物质的累积，改善水体环境和培育天然饵料，保持水体的溶氧，水瘦时首先施用生物有机肥再施用光合细菌，这样有利于保持菌种在水体中的活力和繁殖优势，降低使用成本，此外，酸性水体不利于光合细菌菌种的生长，应先施用生石灰间隔3~4 d，调节pH值后再使用光合细菌。
避免与消毒剂混合使用，因为作为活菌，药物对它有杀灭作用，水体使用消毒后需经过5 d以后方可使用。使用光合细菌在水体中产生优势竞争性，抑制有害菌生长。
