1.购买优质产品
目前市场上销售的微生物制剂品种繁多，质量相差悬殊，购买时，应买优质名牌产品。在这里应特别提醒养殖户的是，市场上不少厂家趁农户意识不全面之机，新注册一个企定名称，鱼目混珠，多数没有经过试验，论证的生物制剂以低价格进入市场。
2.定时使用
微生物细菌繁殖的周期很短，种质很容易退化，退化以后就失去功能，故应每隔10~15天左右，根据环境生长情况，定时使用。
3.用量要足够
微生物制剂的根本作用是菌与菌竞争抑制作用，只有当有益的微生物菌在适宜的环境中形成优势菌群后，才能有效抑制有害菌株的生长。
4.交替使用
由于微生物制剂中的各种菌种功能不同，为了达到虾塘水体生态平衡，标本兼冶的目的，应交替使用。例如以芽孢杆菌为主菌种的微生物制剂，对改良底质起独特的作用，而EM菌和光合细菌则对降解水体中的有害物质，例如氨氮，亚硝酸和硫化氢等，起良好作用。
5.适时使用
有些微生物细菌需要一定的环境条件才能生长繁殖，例如光合细菌需要一定的光、温度和水深，才能在水中起光合作用，发挥其应有功能。
6.使用前的活化
以芽孢杆菌为主的微生物制剂，成品以芽孢形式存在，不能立即起作用。故在使用前，先用虾塘水浸4~5个小时活化后再使用。每公斤配0.1公斤左右红糖，与微生物制剂一起浸泡活化，效果更好。
7.勿与抗生素和杀菌类药物同时使用
微生物制剂的作用，是依靠微生物制剂中的微生物细菌起作用。微生物细菌本身是个生命体，抗生素和消毒杀菌类药物会杀死微生物细菌，故不能同时使用。在使用有益微生物细菌后，5~7天内不能使用上述杀菌药物，在使用上述杀菌药物5~7天内，也不能使用微生物制剂。
