第一、 生石灰施入水中后变成一种强碱，虽然能暂时杀死水体中的细菌，调节PH值，但它也将水体中所有的浮游生物全部杀死，而5-10天后这些浮游生物又才能繁殖起来，造成滤食性鱼类5-10天内无饵料，对于以滤食性鱼类及鱼苗种为主的池塘施用生石灰害处更大，同时还使池中溶氧降低，使浮游生物能利用的有效氮、有效磷降低。
第二、 生石灰施入水中作为一种强碱对鱼鳃刺激性大，特别是鱼苗鱼种，影响鱼类生长。
第三、 施生石灰劳动强度大。
第四、 施生石灰并不能解决水质恶化的根源，因此每次施用生石灰只能杀死致病菌，并没有从根本上消除造成水质恶化的根源(鱼物残渣、粪便、死亡的动植物尸体等在缺氧条件下进行厌氧分解产生的有毒有害物质、气体对水质的污染)，因此并不能降低化学耗氧量。
